Следует дождаться, когда на улице похолодает и бархатцы увянут. Только тогда их надо будет собрать. Лучше всего их измельчить и затем раскидать по всей площади участка. И вместе с цветами уже перекапывайте огород.
В бархатцах содержится много азота. К весне растения разложатся и напитают грунт полезными и необходимыми веществами.
Кстати, необязательно бархатцы выдергивать с корнем, пусть они останутся в земле. Заодно повысят влагопроницаемость. Стебли можно аккуратно срезать.